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据2020年3月学校官网显示，学校设有农业工程系、园林工程系、畜牧工程系、经济管理系、食品与环境工程系、信息工程系和基础课教学部7个系（部），马克思主义学院、乡村振兴学院和创新创业学院3个二级学院，有29个专业。[1]

甘肃农业职业技术学院专业设置一览表

系（部） 专业名称 专业代码

农业技术系

作物生产技术

510101

种子生产与经营

510102

植物保护与检疫技术

510108

农业装备应用技术

510117

农业生物技术

570107

药品生产技术

590202

园林工程系

设施农业与装备

510103

园艺技术

510107

园林技术

510202

园林工程技术

540106

食品化工系

农产品加工与质量检测

510113

食品生物技术

570101

应用化工技术

570201

精细化工技术

570205

工业分析技术

570207

食品营养与卫生

590106

食品营养与检测

590107

畜牧兽医

畜牧兽医

510301

动物医学

510302

动物防疫与检疫

510304

经济管理系

计算机应用技术

610201

计算机网络技术

610202

数字媒体应用技术

610210

财务管理

630301

会计

630302

经济信息管理

630505

商务经纪与代理

630507

市场营销

630701

电子商务

630801

物流管理

630903